Odbor projektového řízení tvoří Oddělení přípravy a realizace projektů, Strategie a podpory podnikání a Oddělení zprostředkujícího subjektu ITI.

Základním strategickým dokumentem hlavního města Prahy je Strategický plán. Jeho součástí jsou adaptační strategie, implementační plány, analýzy a studie i strategické projekty. Strategický plán hlavního města Prahy je pro odbor Projektového řízení základním stavebním prvkem, ze kterého vychází i strategie odboru Projektového řízení. Zpětná vazba z odboru Projektového řízení směrem k vedení hlavního města Prahy funguje nejen jako informace o plnění jednotlivých oblastí a úkolů Strategického plánu, ale i jako podklady a návrhy pro průběžnou aktualizaci a doplňování.